Las principales amenazas son: Asentamientos humanos: principalmente el conurbamiento de los poblados de Ocampo, Angangueo y El Paso. Además, la mancha urbana de Zitácuaro se acerca rápidamente a los límites del santuario Cerro Pelón. Explotación forestal: además de los aprovechamientos legales en las zonas de amortiguamiento se ha indicado que existe tala clandestina que incursiona hasta las zonas núcleo. Incendios,Plagas forestales: principalmente el muérdago enano y los descortezadores. Erosión: generada por el desmonte. Los sitios más afectados son Chivatí-Huacal y Cerro El Campanario (Melo y López, 1989) y cacería furtiva: no existe información específica.

Actividad turística: el riesgo principal de esta actividad se daría si ocurriese de manera desordenada. No obstante es una actividad de gran importancia para las comunidades locales e incluso para la protección de la reserva.

En comparación con el muestreo de 2003, hubo una reducción de mínimo 75% en el tamaño de las colonias. Se necesita más información para conocer la causa o causas de esta disminución, sin precedentes, de la superficie ocupada por las mariposas que hibernan en México.

Fuente: Reporte preliminar del Monitoreo de mariposa monarca de Diciembre 2004 por: World Wildlife Fund- Programa México (WWF).